Tra i compiti fondamentali dell'Ordine vi è quello di garantire il rispetto delle norme deontologiche, a tutela della salute del cittadino e del corretto esercizio della professione farmaceutica.
Il principale riferimento in materia è il Codice Deontologico, al quale ogni iscritto all'Albo è tenuto a conformare il proprio comportamento professionale. Il Codice raccoglie i principi e le norme poste a garanzia dei cittadini e della collettività, nonché a tutela dell'etica, della dignità e del decoro della professione del farmacista.
L'edizione attualmente in vigore è stata approvata dalla Federazione degli Ordini dei Farmacisti Italiani (FOFI) nel 2018.